C'è una directory sotto la vostra directory chiamata cgi-bin. Questa directory è impostata in modo tale da essere utilizzata solo per gli scripts CGI, e qualunque programma in essa dovrebbe essere eseguito a prescindere dalla propria estensione (i programmi, in ogni caso, devono essere impostati come eseguibili).
Per poter eseguire i programmi CGI anche da altre directory è necessario che:

1 - Lo script abbia un'estensione .cgi o .pl.
2 - Lo script sia impostato come eseguibile ovvero abbia i permessi 755 rwx-rx-rx . Se siete connessi tramite FTP, utilizzate quote site exec chmod 755 nomedelloscript.cgi nella directory appropriata oovvero la cgi-bin.